Nová séria Doktorou začína číslom 9. Tochto Doktora si zahral britský herec Christhopher Eccleston. 
Keď bol Doktor vo svoje 8 regenerácií, bojoval v časovej vojne. Doktorovi sa síce podarilo zničiť Dálekov ale zároveň aj vlastnch ľudí, Pánov času. Tak sa Doktor stal posledným svojho druhu.
Po tejto životnej udalosti mu ostáva jediná vec- ccestovať.
Onedlho už vo svojej 9. reinkarnácií sa stretáva so svojou novou ľudksou spoločníčkou Rose Tyler a spoločne zažívajú nové dobrodrúžstva.
Počas cestovania vesmírom sa stretnú s Dáleky, ktorým sa podarilo uniknúť z časovej vojny. Neskôr sa dozvie, že z časovej vojny sa podarilo utiecť aj samotnému cisárovi Dálekov. Tento císar prepadol časovou dierov a tam vybudoval novú armádu Dálekov, ktorá je pripravená na príchod a zničenie Doktora. Doktorovi sa podarí chytiť císara do pasce. Rose Doktor pošle domov aby ju ochránil a on sám je rozhodnutý obetovať svoj vlastný život.
Rose sa podarí spojiť s TARDIS a tá jej otvorí svoje srdce. V srdci TARDIS je centrum sily, ktoré nedokážu ovládať ani Páni času. Rose zabije Dáleky a predtým ako ju energia stihne zničiť, Doktor z Rose túto energiu preberie na seba.
Doktor využíva dobre známi trik Pánov času a znova reinkarnuje v poradí už do svoje 10. podoby .
Priebeh života 9. Doktora (cz)