S Donnou Noble sa stretáva v úvodne časti, počas ktorej je Donna unesená na TARDIS počas svojej svadby. Doktora považuje za zločinca a snaží sa ho zbaviť. Potom čo jej pomôže s jej falošným snúbencom ho Donna opúšťa a vracia sa späť k svojmu starému životu. Po nej sa objavuje nová cestovateľka Doktora. Stretávajú sa spolu v nemocnici, ktorá je rasou Judoonou premiestnená na Mesiac. Martha prejaví svoju odvahu a pomôže Doktorovi zastaviť nebezpečného vesmírneho zločinca a prispeje k návratu nemocnice späť na Zem. Doktor jej ako odmenu ponúkne jeden výlet v TARDIS. Navštívia spolu Williama Shakespeare, ktorému pomôžu zastaviť inváziu "čarodejníc". Po jednej ceste do minulosti vezme Doktor Marthu do budúcnosti. Aj po nebezpečných zážitkoch Martha ostáva s Doktorom  a ocitnú sa v New Yourku v roku 1930, kde Martha narazí prvýkrát na Dálekov. Dálekovia budujú novú armádu za pomoci ľudskej a dáleckej DNA. Vznikne tak prvý ľudksý Dálek. Pôvodným Dálekom sa to nepáči, pretože už nie sú Dálekovia čistí a ich záhubou sa stane ľudskosť v nových Dálekoch. Utiecť sa podarí jednemu jedinému Dálekovi.

Martha a Doktor cestujú spoločne v TARDIS a stretávajú sa s "Rodinou", splačúcimi anjelmi a mnohými ďalšími počas svojich dobrodružstiev. 

 

Ku koncu tretej série sa Doktor a Martha dostanú na koniec vesmíru. V týchto dieloch sa objavuje aj dlho statený kapitán Jack Harkness. Na konci sveta ľudia postavili raketu, ktorá ich má odviesť do Utópie. Profesorovi, ktorý má ľod pripraviť na odlet, sa neradí zapojiť ju na štart. Profesor však nie je ten za koho sa vydáva. Je to Pán času menom Vládca, ktorý sa ukryl pred Časovou vojnou tým, že urobil zo seba človeka a svoju moc vložil do hodiniek. Z konca vesmíru sa mu podarí utiecť pomocou TARDIS a pristane v 21. storočí. Tu začína jeho premyslený plán ako ovládnuť Zem a zaútočiť na celý vesmír. Doktor, Martha a kapitán Jack sa dostanú do súčasnosti pomocou Jackovho manipulátora časového víru. Snažia sa zistiť všetko o tom, kde sa môže Vládca nachádzať. On medzi časom zo seba urobil kandidáta na premiera menom Harold Saxon. Jeho výhrou nastupuje krutá vláda na Zemi. Vládcovi sa podarí zajať Jacka, Marthynu celú rodinu a aj samotného Doktora. Martha je jediná, ktorá unikne a jeden celý rok cetuje to krajinách a rozpráva príbeh o mužovi, ktorý ich už mnohokrát zachrnánil. Nádej dá všetkým týmto ľudom silu a tak ako im Martha prikázala, všetci v tú istú chvíľu myslel všetci na jediné slovo, slovo DOKTOR. Vďaka tomu sa im podarilo Doktora oslobodiť a priesť mu jeho starú silu. Doktor zastaví Vládcové plány a snaží sa zachrániť aj Vládcu. Ale na to je neskoro. Jeho manželka Lucy Saxon ho smrtelne postrelí a Vládca odmieta regeneráciu. Doktor sa znova stáva posledným Pánom času.